Родился 28 августа 1958 в Москве. Сын театроведа и литературоведа Юлия Кагарлицкого.
В 1975-80 гг. учился в Государственном институте театрального искусства им. А.В.Луначарского (ГИТИС) по специальности "социология культуры". Диплом защитил в 1988 г. Кандидат политических наук (1995 г.).
В 1980 году был исключен из кандидатов в члены КПСС и из института (с формулировкой "за антиобщественную деятельность"; формальной причиной исключения стало покаянное письмо Андрея Караулова, написанное им после беседы в КГБ, в котором Караулов признавался, что получал от Кагарлицкого антисоветские листовки).
В 1980-1982 гг. работал почтальоном, в 1983-1988 гг. - лифтером.
В 1977-1982 гг. был участником подпольного левосоциалистического кружка в Москве, состоявшего в основном из молодых научных работников - историков и социологов.
Издавал подпольный журнал «Левый поворот» ("Социализм и будущее"), участвовал в издании журнала «Варианты».
В начале апреля 1982 года был арестован по делу так называемых "молодых социалистов" (кроме него были арестованы Павел Кудюкин, Андрей Фадин, Юрий Хавкин, Владимир Чернецкий и другие, а позже - Михаил Ривкин).
После письменного обещания не заниматься более антисоветской деятельностью был освобожден вместе с Кудюкиным, Фадиным и некоторыми другими в апреле 1983 года. Решение о помиловании до суда было вынесено Президиумом ВС СССР (во главе с Юрием Андроповым). В июле того же года выступал в качестве свидетеля на суде над Михаилом Ривкиным. Хотя на суде Кагарлицкий заявил, что не считает контакты Ривкина с ним подпадающими под действие ст.70 Уголовного Кодекса, его показания были использованы для осуждения Ривкина, приговоренного к 7 годам лагерей и 5 годам ссылки.
Осенью 1986 г. вместе с Григорием Пельманом и Глебом Павловским участвовал в создании Клуба социальных инициатив (КСИ) - одного из первых неформальных образований периода Перестройки.
В 1987-88гг. - один из лидеров Федерации социалистических общественных клубов (ФСОК).
В 1989-1991 гг. - обозреватель агентства ИМА-пресс.
В 1988-1989 гг. один из лидеров Московского народного фронта (МНФ), член Координационного Совета МНФ.
Летом 1989 г. был одним из инициаторов создания Московского комитета новых социалистов (МКНС) - из числа последовательных социалистов в МНФ.
В 1990-93 гг. - депутат Моссовета, член исполкома Социалистической партии, один из лидеров Партии труда (1991-94 гг.).
С весны 1992 г. - обозреватель газеты профсоюзов «Солидарность», с марта 1993 г. работал экспертом Федерации независимых профсоюзов России (ФНПР).
После фактического прекращения в 1995 г. деятельности Партии труда занимается главным образом политической публицистикой.
Работал старшим научным сотрудником Института сравнительной политологии РАН (ИСПРАН - бывший Институт международного рабочего движения) (1994-2002).
В ноябре 2001 г. выступил одним из инициаторов антиглобалистского движения «Мир - не товар!».
Директор Института проблем глобализации (апрель 2002 - декабрь 2006).
С апреля 2005 г. - член Редакционного совета «Правды.инфо».
Летом-осенью 2005 - один из организаторов "Левого фронта" (ЛФ), 10 октября 2005 г. избран членом Московского горкомитета ЛФ.
C декабря 2005 - председатель стратегического совета Контролигархического фронта России КОФР).
С 2007 года - директор Института глобализации и социальных движений, председатель редакционного совета журнала «Левая политика».
За изданную в Лондоне книгу «Мыслящий тростник» (на английском языке) в 1988 г. по- лучил Дойчеровскую премию. В 1990-1991 гг. в Лондоне вышли на английском языке его книги «Диалектика перемен» и «Прощай, перестройка» (также издана на японском и турецком языках), в Берлине (на немецком языке) - книга «Квадратные колеса (Хроника демократического Моссовета)». В 1992 году издал в Москве книгу «Расколовшийся монолит» (на основе серии своих публицистических статей 1989-1991 годов), которая до русского издания выходила также на английском, немецком, шведском и финском языках.
Автор таких книг, как «Мыслящий тростник» (на английском языке) (Лондон, 1988; лауреат Дейчеровской мемориальной премии (Великобритания)), «Диалектика надежды» (Париж, 1988), «Диалектика перемен» (Лондон, 1989), «Прощай, перестройка!» (Лондон, 1990, также издана на японском и турецком языках), в Берлине (на немецком языке) - книга «Квадратные колеса (Хроника демократического Моссовета)» (1991), «Расколовшийся монолит. Россия накануне новых битв» (на основе серии своих публицистических статей 1989-1991 годов) (Лондон, 1992; М., 1992, выходила также на немецком, шведском и финском языках), «Реставрация в России» (М., 2000), «Глобализация и левые» (М., 2002), «Восстание среднего класса» (Екатеринбург, 2003), «Периферийная империя. Россия и миросистема» (М., 2004), «Марксизм: не рекомендовано для обучения» (М., 2005), «Управляемая демократия. Россия, которую нам навязали» (Екатеринбург, 2005), «Политология революции» (М., 2007).
Кагарлицкий печатается в различных западных левых журналах («New politics», пресса Итальянской соцпартии и др)… В России с 1991 года печатался в основном в газетах «Солидарность» и «Революционная Россия», а также в «Независимой газете», «Свободной мысли», «Новой Газете», «Компьютерре», «The Moscow Times», газете «Век» и др. Сейчас (2009 г.) печатается в основном в газете «Взгляд», журналах «Скепсис» и «Русская жизнь», а также на сайтах ИГСО, «Евразийский дом» и «Рабкор.ру». С 2000 года - член научного сообщества (fellow) Транснационального института (Амстердам).
