Пифагор родился приблизительно в 570 году до н. э. в Сидоне, Финикия. Его отец Мнесарх был резчиком по камню, а мать Партенида, позже переименованная мужем в Пифаиду, происходила из знатного рода Анкея, основателя греческой колонии на Самосе.
По легенде, рождение мальчика предсказала Пифия в Дельфах, поэтому Пифагор и получил свое имя, в переводе с греческого означающее «тот, о ком объявила Пифия». В частности Пифия поведала его отцу, что Пифагор принесет человечеству столько пользы и добра, сколько не приносил и не принесет в будущем никто другой. На радостях Мнесарх назвал жену новым именем Пифаида и дал сыну имя Пифагор.
Пифагор получил блестящее образование — его обучало много мудрых наставников, в том числе Ферекид Сиросский и Гермодамант. Первый привил мальчику любовь к науке, а второй — к поэзии Гомера. Примерно в 18-летнем возрасте Пифагор покинул родной остров и отправился в Милет, где познакомился с Фалесом — ученым, посоветовавшим ему поехать в Египет. Там благодаря покровительству фараона Амазиса Пифагор пообщался с мемфисскими жрецами. Приняв посвящение в сан жреца, он смог проникнуть в «святая святых» — египетские храмы, куда чужеземцев не допускали.
Благодаря тайным знаниям, полученным в Египте, Пифагор стал одним из самых образованных людей своего времени. После смерти Амазиса его преемник отказался выплатить ежегодную дань персидскому правителю Камбизу, что послужило поводом для войны. Жрецы подверглись гонениям, и Пифагор попал в персидский плен.
В плену Пифагор подружился с персидскими магами, увлекся восточной астрологией и мистикой, познакомился с учением халдейских мудрецов. Лишь спустя двенадцать лет его освободил персидский царь Дарий Гистасп, прослышавший о знаменитом греке.
Приблизительно в 530 году до н. э. Пифагор вернулся на родину. Однако статус полупридворного-полураба при самосском тиране Поликрате не устраивал мудреца. В течение некоторого времени он вел отшельнический образ жизни, живя в пещерах, а затем переехал в греческую колонию Кротон (Южная Италия).
На тот момент в Кротоне и других ближних городах прогрессировало социальное неравенство и моральное разложение общества. Пифагор стал выступать перед горожанами с развернутыми проповедями о нравственном совершенствовании и самопознании. Жители Кротона единодушно избрали его духовным наставником города. Сначала в храмах и на улицах, а затем и в собственном доме Пифагор учил людей основам медицины, принципам политической деятельности, астрономии, математике, музыке, этике и пр.
В Кротоне Пифагор основал собственную школу, которая стала одновременно и политической структурой, и религиозно-монашеским орденом со своим уставом и строгими правилами. Некоторые требования этого устава сейчас кажутся забавными, но тогда к ним относились очень серьезно. Например, пифагорейцы не давали ласточкам вить гнезда под крышами домов и не имели права прикасаться к белым петухам. Во взаимоотношениях во главу угла они ставили дружбу — все имущество друзей было общим. Кроме того, члены пифагорейского союза не должны были посвящать других в тайны учения своего наставника.
До Пифагора умные люди гордо именовали себя мудрецами, что означало «человек, который знает». Пифагор же стал первым человеком, который назвал себя философом — «тем, кто пытается найти, выяснить». Он и его ученики не употребляли мяса, так как были убеждены, что кровопролитие — первородный грех, за который бессмертная душа изгоняется в бренный мир, где блуждает, переселяясь из одного тела в другое. Чтобы освободить душу от бесконечной череды перевоплощений, необходимо очищение. Оно заключается в воздержании от излишеств, отказе от пьянства и от употребления в пищу бобов. Удаляясь в храм для медитации и молитвы, Пифагор питался лишь маком и кунжутом, шкурками морского лука, цветками нарцисса, листьями мальвы, диким медом…
Проведя ряд экспериментов по изучению музыкальных тонов, ученый развил теорию музыки и акустики: найденные соотношения он выразил на языке математики. В школе Пифагора также была впервые высказана догадка о том, что Земля круглая. Однако главным открытием Пифагора (или его непосредственных учеников, как считают некоторые историки) стало положение, согласно которому сумма квадратов сторон прямоугольного треугольника, прилежащих к прямому углу (катетов), равна квадрату третьей стороны — гипотенузы. Эта теорема, доказанная Пифагором, сейчас носит его имя.
Особое внимание Пифагор уделял числам и их свойствам. В отличие от других ученых-математиков той эпохи, он не останавливался на решении геометрических задач. Пифагор и его ученики заложили основы теории чисел и принципы арифметики. Многие геометрические задачи того времени они решали арифметическим путем. Изучение зависимости между числами, в особенности между рядами чисел, требовало очень развитого уровня абстрактного мышления. Это повлияло на философские взгляды Пифагора. Увлеченность изучением характера чисел и отношения между ними привела к определенной абсолютизации чисел, к мистике чисел. Числа были подняты ученым на уровень реальной сущности всех вещей.